Keihklasan Pesantren, ketentuan mengenai dewan masyayikh, kiai, santri, dan kajian kitab kuning sebagai unsur-unsur pokok yang menyusun definisi pesantren cukup memenuhi aspek filosofis, sosiologis, dan budaya pesantren. Tanpa unsur-unsur ini sebuah lembaga pendidikan tidak bisa disebut pesantren.
Pendanaan Pesantren, UU selalu berkonsekuensi dengan logika penganggaran. Skema pendanaan utama dibebankan kepada Kementerian Agama. Tetapi tidak menutup kemungkinan partisipasi kementerian/lembaga lain dan atau pemda sesuai kewenangan dan ketentuan yang berlaku.
Tiga catatan penting UU Pesantren, Pesantren harus tetap dijaga independensinya. Fungsi pesantren sebagai pusat pendidikan, dakwah, dan pemberdayaan masyarakat harus tetap otonom. Tidak boleh ada intervensi dari manapun.
Pesantren harus tetap menjadi pusat peradaban Islam. Di pesantren lah nilai-nilai local wisdom yang kita banggakan tetap lestari dan terjaga.
Pesantren bukan bagian atau bawahan tetapi adalah mitra Kementerian Agama. Jadi tidak ada siapa di atas siapa di bawah, “tutupnya.(jok)
